Das Mondmilchloch am Pilatus ist zwar seit Jahrhunderten bekannt, aber zum Höhlenklima wurden noch nie ausführliche Messungen vorgenommen. Nun liegen per Schlussauswertung vom 23. Oktober 2011 erstmals von einem ganzen Jahr lückenlose Messungen vor. Dabei wurde die Lufttemperatur am Höhlenende im Stundentakt erfasst (mit einem kalibrierten Datenlogger Typ «Hotdog», Elpro AG).
Die Jahresmitteltemperatur beträgt 4,1 °C (Nov. 2010 bis Okt. 2011). Mit 4,0 °C Monatsmittel sind die Sommertemperaturen am tiefsten. Im Winter steigt das Monatsmittel (mit kaum mehr eindringendem Wasser von der Hochfläche des Widderfeldes (Einzugsgebiet auf ca. 1900 bis max. 2073 m ü.M.) bis auf 4,3 °C, bevor das Schneeschmelzewasser eine Abkühlung bewirkt. Erstaunlich eng ist die Temperaturvarianz. Sie lag in der Messperiode zwischen 3,9 °C und 4,3 °C. Dass jedoch von Jahr zu Jahr für Höhlenverhältnisse deutliche Abweichungen möglich sind, zeigen die Oktober-Messungen von 2010 mit 4,5 °C Mitteltemperatur und von 2011 mit nur noch 4,1 °C.
Im Mondmilchloch überwintern – wie mehrfach beobachtet – Fledermäuse, von denen die Winterquartiere noch kaum bekannt sind. Aber auch weitere seltene Tierarten von sogenannten echten Höhlentieren wie Ischyropsalis dentipalpis konnten nachgewiesen werden. Diese Tierart wurde erst vor wenigen Jahren auf der Alpennordseite erstmals im Kanton Obwalden entdeckt. Für die tierischen Höhlengäste (Fledermäuse) und Höhlenbewohner (Ischyropsalis) ist das Höhlenklima und damit verbunden die Höhlentemperatur entscheidend.