Höhlen bieten für verschiedene Tierarten Lebensraum. Dabei ist zu unterscheiden zwischen solchen Tieren, die ausschliesslich in Höhlen leben (echte Höhlentiere wie der Höhlenstrudelwurm oder gewisse Schneckenkanker-Arten) und solche die sich zeitweise oder gelegentlich in Höhlen aufhalten, z.B. für den Winterschlaf (Fledermausarten, Bären, Höhlenfalter, Weberknechte) oder zum Übersommern (z.B. Köcherfliegen-Arten).
Beobachtung von Fledermäusen
Die Höhlenforscher-Gemeinschaft Trüssel (HGT) hat in den Höhlen der Melchsee-Frutt über 700 Fledermausskelette geborgen (siehe auch Rubrik «Paläontologie»). Am verbreitetsten sind die Bartfledermaus und Brandtfledermaus. Selten sind z.B. das Grosse Mausohr, die Bechsteinfledermaus und die Fransenfledermaus. Bis jetzt liessen sich acht Fledermausarten in den Höhlen der Melchsee-Frutt nachweisen. Hinzu kommt die Kleine Hufeisennase, die in den tiefer gelegenen Höhlen sehr selten anzutreffen ist (Höhle H1 im Melchtal, Totenhöhle im Haslital).
Bei den zahlreichen Forschungstouren werden immer wieder fliegende oder sich im Winterschlaf befindliche Fledermäuse beobachtet. Die zum Teil zahlreichen Kotspuren lassen auf regelrechte unterirdische «Fledermaus-Strassen» schliessen. Die Höhlen sind wichtige Quartiere für den Winterschlaf verschiedener Arten.
Erstnachweise einer Weberknechtart
Auf der Melchsee-Frutt wurde durch die Höhlenforscher-Gemeinschaft Trüssel (HGT) 1994 erstmals die Weberknechtart Ischyropsalis helvetica in einer Höhle nachgewiesen. Inzwischen sind in Obwalden sieben adulte Individuen gefunden worden. Die neuen Belege vergrössern das Verbreitungsgebiet unerwartet auf die Zentralschweiz und ist somit bedeutend grösser als bisher angenommen. Zum ersten Mal überhaupt wurden Eigelege entdeckt, und zwar auf 1800 und 2400 m ü.M. in der Neotektonikhöhle bzw. Höhle S4 am Schwarzhorn. Bislang vermuteten die Wissenschafter, die Ischyropsalis würden sich in den Zwischenräumen von Geröll vermehren. Jetzt konnte aber durch die HGT belegt werden, dass sie ihre Eigelege in einem schleimartigen, langgezogenen und wassertropfenartigen Pfropfen an die Decke der Höhlengänge ablegen.
Die Ischyropsalidae ist eine Familie der Weberknechte (Opiliones). Weberknechte (bei uns landläufig als «Zimmermann» bezeichnet) gehören zu den Spinnentieren. Wie alle Spinnentiere verfügen die Weberknechte über acht Beinglieder und einen zweiteiligen Körperbau, der allerdings dem Beobachter sehr kompakt erscheint. Sie leben vorzugsweise nachtaktiv räuberisch in mehrheitlich feuchtem Lebensraum. Im Vergleich zu den bekannten Webspinnen besitzen Weberknechte meist lange Beine und verfügen über keine Spinnfähigkeit. Ihre Körpergrösse erreicht selten mehr als 7 mm.
Monitoring von Triphosa
Das Monitoring von Höhlentieren ermöglicht die ökologische Bindung einer bestimmten Art an das unterirdische Leben aufzuklären. Dies geschieht in den Karsthöhlen der Melchsee-Frutt in Anlehnung an ein Programm im Nationalpark Berchtesgaden unter der Leitung von Benjamin Menne. Beobachtet wird die Lepidopterengattung Triphosa. Diese Falterart hält sich vor allem über die Wintermonate in den Höhlen auf. Sie bevorzug jedoch nur bestimmte Höhlentypen. Ziel der Abklärungen ist es, zu erkennen, warum Unterschiede bei der Höhlenwahl bestehen. Generell ist die ökologische Bindung an die Höhlenwelt noch kaum geklärt.
Mikroorganismen in Höhlen
Die Sedimente in Höhlen sind Hunderttausende von Jahren alt. Da ein ausgeglichenes und spezielles mikroklimatisches Klima herrscht und zugleich unterschiedliche Sedimente mit verschiedenen chemischen, physikalischen und biologischen Eigenschaften vorhanden sind, besteht die Wahrscheinlichkeit, auf bislang noch unbekannte Mikroorganismen zu stossen.
Die Suche nach unbekannten «Höhlen»-Bakterien und anderen Mikroorganismen in Höhlensedimenten z.B. für die Medizinalforschung kann deshalb sinnvoll sein. Als Beispiel sei eine amerikanische Universität genannt, die in der Mammut Cave, USA, für die Krebsforschung nützliche Bakterien gefunden hat.
Vegetation und Bodenökologie von Karstgebieten
Bodenökologische und vegetationskundliche Untersuchungen in Karstgebieten (mit nur dünner und erosionsanfälliger Bodenschicht) sind anzustreben, um zum Beispiel die Frage der Beweidungseinflüsse auf die in Karstgebieten heute vorhandenen Pflanzengemeinschaften zu klären oder aber Modelle zur optimierten Skipistenbegrünung zu entwickeln.