Seit 50 Jahren wird die Karst- und Höhlenwelt Obwaldens mit Schwerpunkt Melchsee-Frutt von einer kleinen Forschungsgruppe lückenlos dokumentiert. Schon bei der ersten Erkundungstour im Jahr 1976 entdeckten die Höhlenforschenden Gebrüder Trüssel gleich mehrere, bislang unbekannte Höhleneingänge.
Seit der Aufnahme der Höhlenforschung auf der Melchsee-Frutt konnten 200 Höhleneingänge inventarisiert und insgesamt 64 km Höhlengänge vermessen werden. Über 2000 Tierskelette von über 50 Tierarten wurden geborgen. Zahlreiche Projekte auf internationaler Ebene mit verschiedenen Forschungsdisziplinen konnten initiiert werden. Dazu gehört insbesondere die Paläoklimaforschung anhand der Speleotheme (Sinterformationen). Dazu zählt auch eine Dissertationen sowie mehrere wissenschaftliche Publikationen.
Heute steht fest: Die Melchsee-Frutt beherbergt die bedeutendsten Karstgebiete der Schweiz – eine dreidimensionale Landschaft, die mit ihren Karströhren und unterirdischen Wasserläufen tief unter die Erde reicht. Abgeschlossen ist die Forschung noch lange nicht.
Die Höhlenforschung in Obwalden wurde auf der Melchsee-Frutt 1976 von den Höhlenforschenden Gebrüdern Trüssel (HGT) aufgenommen, bestehend aus den vier Brüdern Pankraz (1953), Christoph (1954), Clemens (1956) und Martin Trüssel (1960). Bereits zwei Jahre zuvor unternahmen Clemens und Martin eine «Expedition» ins Mondmilchloch am Pilatus. Schon in der Jugendzeit entwickelten Clemens und Martin Trüssel eine neue Vermessungstechnik (die heute im Stollenbau Anwendung findet). Für diese Erfindung erhielten die beiden zuerst die Goldmedaille am Wettbewerb «Schweizer Jugend forscht» und in der Folge den ersten Preis am «European Philips Contest for Young Scientists and Inventors» in den Niederlanden.
In der 2. Hälfte der 1980er-Jahre erweiterten die vier Brüder ihr Quartet mit dem Geologen Thomas Gubler und Franziska Trüssel-Spahr zur Höhlenforscher-Gemeinschaft Trüssel. Nach der Gründung der NeKO-Stiftung 2002 folgte die Zusammenführung der in Nidwalden aktiven Höhlen-Gruppe Hergiswil mit der explizit in Obwalden tätigen Höhlenforscher-Gemeinschaft Trüssel. Die beiden lose organisierten Gruppierungen gründeten 2003 den Verein Höhlenforscher-Gemeinschaft Unterwalden (HGU). Die NeKO-Stiftung bot dem Verein den Background für seine Aktivitäten. Da mit dem Generationenwechsel bei der HGU die Aktivitäten über die Jahre nachliessen, verschoben sich die Feldaktivitäten zunehmend zur NeKO, damit diese Erkenntnisse in die wissenschaftliche Forschung lückenlos einfliessen konnten.